包拯连续弹劾了两名三司使，这让仁宗皇帝非常恼火。仁宗皇帝真的找不到合适的候选人继任三司使。由于包拯长期担任过州县知州和转运使，他还担任过户部副使，经验丰富，能力强。因此，仁宗皇帝任命包拯继任三司使，包拯准备上任，而没有拒绝。
这也使得包拯遭到了朝廷大臣的批评。当时，士大夫们非常重视避嫌。所谓“君子防不然，不处嫌疑，瓜田不履行，李下不夺冠”，避嫌是当时士大夫的信条之一。
因此，就在包拯任命刚刚下达时，翰林学士欧阳修立即上疏《论包拯除三司使上书》，向仁宗皇帝弹劾包拯。欧阳修在奏疏中说：“包拯弹劾前两任三司使，自己取而代之，是非常不合适的。就像有人牵着牛毁了你家的庄稼一样，这是不合适的，但如果你抓住机会把别人的牛带到自己家里，那就更不合适了。包拯这样做了，即使他很自信，这也不是他自己的意愿，但别人怎么能相信呢？@ 包拯应避嫌。”
欧阳修在肯定包拯直率正直的性格的同时，也批评了包拯对任三司使的考虑不周。他还指出:“北宋言官敢于劝诫和批评，正是仁宗皇帝‘至圣至明’。可见言官的劝诫不是为了自己的利益，而是为了国家，包拯也应该以身作则，不能被别人误解。”
虽然有人认为欧阳修过于注重形式和严格。然而，被弹劾的包拯并没有为此争论，而是平静地接受了欧阳修的批评，回家等待仁宗皇帝的处置。然而，此时，仁宗皇帝正担心谁将继承三位司令的职务，因此他没有采纳欧阳修的意见。或者选择让包拯担任三位司令。
嘉佑四年三月(1059年4月)，仁宗皇帝将包拯从御史中成提升为枢密直学士、权力(暂任)三司使，包拯开始掌管全国财政权力。
包拯任三司使后，取得了许多成就。他通过各种方式“开源节流”，增加了国库收入，减少了不必要的支出，减轻了人民的负担。
淮南转运使张可久利用职权出售1万多公斤私盐。案件曝光后，张可久被送往大理寺审理。根据当时的法律，出售私人盐的罪行的严重程度取决于获得的私人盐的数量。作为一名转运使，张可久熟悉法律。虽然每次他出售私人盐，虽然有很多，但他立即转手，被发现的私人盐的数量并不多。
大理寺在判刑时无能为力。包拯主张，张可久作为一名转运使，无法公开出售私盐。如果他被判处多少私盐，他将不会被严重判刑。@ 包拯要求大理寺严惩张可久，把他流放到荒野之地。.
当时，开封西部的唐州和邓州多年来一直干旱，人口稀少。一些官员建议将这两个州改为县制。时任唐州知府的赵尚宽认为，只要大力开垦，这里的潜力仍然很大。包拯非常同意这一点。因此，赵尚宽大力挖掘渠道，吸引流民，并承诺分配耕地和购买牛。三年后，这片荒芜的土地变成了一片千亩良田。因此，赵尚宽可以留在知州为人民谋福。
还有一次，河北都转让李参下令裁减军1万多名中年体弱者。被裁员的士兵非常怨恨。被裁掉的骁骑士兵张宇怀疑是三司使包拯支持李参裁减士兵，以节省国家财政开支。怨恨之下，张玉直接闯入三司衙门，当众破口大骂。张玉被俘送到殿前司。宋仁宗下令开封府审理此案，皇城司查明真相后向朝廷报案。言官们都指责张玉目中无人，当众辱骂大臣，不得不杀人。开封府依法判处张玉死刑。
包拯整顿税收，裁减冗员，选人任能，发展生产，为北宋的发展做出了巨大贡献。仁宗皇帝曾称赞他“使官员保持职位，人民能够生活和工作，不增加人民的负担，但国库收入大幅增加”。
嘉佑6年4月8日(1061年5月8日)，仁宗皇帝将包拯提升为正三司使，去掉了以前的“权”字。
欧阳修诚实坦率，被贬滁州。欧阳修在这里依然保持着“完美主义”的性格，在醉翁亭写下了流传千古的《醉翁亭记》。
为什么包拯要继任三司使？为什么包拯不避嫌？