武田信玄死后，武田氏开始变弱。此外，继承的武田胜赖征收重税，征收大量工人建设新府城，这让木曾家非常不满。父亲义康于天正7年(1579年)病逝，义昌继任木曾氏第18任当家。天正十年(1582年)，义昌经远山友忠与织田信长结盟，脱离武田氏统治。义昌反叛令当时在新府城的人质，包括70岁的母亲、13岁的儿子千太郎和17岁的长女岩姬，都被杀，这是一次悲惨的经历。武田胜赖处决人质后，命令表弟武田信丰与义昌作战，但义昌因地理位置和织田信忠的援军支持，成功击退武田军。战后，织田军能够长驱直接进入新府城，大大加速了武田家族的灭亡。
武田氏灭亡后，义昌获得安昙，筑摩二县。义昌派下属驻深志城(随后的松本城)作为统治二县的据点。然而，三个月后，本能寺的变化爆发了。织田信长的自杀死使信浓国的家臣们开始互相残杀，使信浓国陷入混乱。这时，在上杉景胜的军事支持下，被驱逐出境的小笠原利用木曾家夺回了据点深志城。被打败的木曾军回到了木曾谷。
随后，义昌与德川家康结盟，承诺帮助重获安昙，筑摩二郡，维护木曾谷的稳定。但直到天正12年(1584年)，由于家康与丰臣秀吉的对立。为了避免被丰臣军入侵，义昌撕毁了与家康的盟约，并以次子义春为人质，屈服于丰臣家。家康对此非常不满，曾为此讨伐义昌，但木曾军最终赢得了战争。
德川氏于18年(1590年)被转封至关东。与此同时，秀吉命令木曾氏改为德川氏统治，同时被转封为下总国阿知户(即现千叶县徐市网户)1万石，迫使木曾氏家族离开根据地木曾谷。这一转封使义昌遭受了巨大的精神和经济压力，最终于文禄4年(1595年)在当地失意病逝，终年55岁。义昌死后，长子木曾义利继任木曾氏第19任当家。
义昌葬礼以海葬的形式在春海举行，坟墓位于义昌奠基的东渐寺(原名东禅寺)。宽文11年(1671年)，义昌下葬的春海被干拓，当时收获的土地被用作农耕。目前已改建为“木曾义昌公历史公园”作为纪念。
义昌死后，继承的义利杀害了他的叔叔上松义丰等多起暴行，最终在庆长五年(1600年)被改封流放。义利成为浪人后，投靠蒲生氏，随蒲生氏改封至伊予松山。他的儿子义辰在服侍后来的伊予松山藩松平氏时，因某种原因被贬为浪人。最后，我们需要依靠木曾氏家族千村氏和山村氏的救济来生存。
为什么木曾义昌要反叛？木曾义昌最后的结局是什么？