多尔根在顺治七年秋天生病。据说膝盖受伤了，他用了不该用的石膏敷治，病情加重了(《北游记》)。11月中旬，他带领诸王贝勒和大量八旗官兵到塞外打猎行乐，以调节疾病，改善心情。塞北寒冷的气候和狩猎过度的疲劳使多尔根再也没有回到北京。三十九岁时，他在喀喇城病逝，十二月初九日。
多尔根死后，他在摄政期间用强权压制的各种矛盾突然暴露出来。首先是皇帝本人和摄政王之间的矛盾。顺治皇帝福临尚小，到了顺治七年，他已经成长为一个十三岁的少年。作为皇帝却没有权力，这当然是福临长期无法容忍的事情。摄政王一死，福临必须真正操起皇帝的权力。其次是一批在摄政期受压的诸王与多尔根之间的矛盾，以济尔哈朗为首。当时，他们吓坏了多尔根的威望和权力，不敢表现出来，但他们从未放弃过保守落后的政治观点。无疑是他们聚集在一起，夺回失去权力的绝佳机会。此外，一些深受多尔根信任和重用的大臣也会努力保护自己在摄政期间获得的权力。各种矛盾交织在一起，相互冲突，相互利用，清朝政局在多尔根死后一个多月内发生了翻天覆地的变化。
多尔根一死，他的亲信罗什、额克苏、鳌拜等人，即利用他的葬事大做文章。首先，隆重的迎灵仪式安排好了。12月17日，多尔根的灵车运回首都。顺治皇帝和诸王大臣在东直门五里外丧服迎候。从东直门到玉河桥，所有经过灵车的地方都有跪着哭丧的官员。福晋公主以下的命妇，身着丧服聚集在瑞王府门口跪哭。灵车到达东直门外，顺治帝亲执玉爵为灵车敬酒，祭拜政王。那天晚上，满朝文武又被命令到瑞王府守灵。然后，罗什和其他人要求在皇帝的葬礼上埋葬多尔根。即便如此，他们还是害怕多尔根死后地位不强。12月25日，他们通过顺治皇帝追求多尔根为“茂德修道广业、安民立政、尊义皇帝”做出贡献。他们的元妃是“义皇后”，他们的牌位在太庙。他们认为，这样，多尔根的护身符就可以永远存在。
与此同时，保守派的济尔哈朗等人也开始了一系列活动，利用顺治皇帝亲自掌权的迫切心情。他们首先命令大学士刚林等待摄政王府收回象征权力的印记和奖励册，然后开始削弱多尔根的军事实力。摄政期间，多尔根将清朝的主要军事力量交给了自己的亲信、同母兄弟英亲王阿济格和豫亲王多铎。它们是多尔根实施其政策的重要军事支柱。阿济格是当时多铎已经病死一年了，对济尔哈朗等人威胁最大的人。阿济格是一个傲慢自尊的莽夫。在摄政期间，他依靠自己的战功。他要求多尔根封自己为“叔王”，但被拒绝了。阿济格死后，想扩大自己的力量，与诸王抗衡。他试图吞并正白旗，理由是多尔根曾说过“对养子多尔博不满，希望阿济格的儿子亲自管辖乙正白旗”。阿济格的这些思想和行为遭到了正白旗多尔根老部的反对。济尔哈朗和其他寻找机会根除阿济格的人看到了他们之间的矛盾。于是他们联名上疏，起诉阿济格不尊重摄政王，轻而易举地为他定罪，剥夺了他手中的军权，逮捕、斩爵、幽禁、抄袭了他的家人，并将他所有的儿子都废除了宗室，奖励了敌人作为奴隶。
顺治八年正月十二日，福临亲政。于是多尔根原来的亲信看到情况发生了变化，有的投到了济尔哈朗的门下。此时，原多尔根和多多分别管辖的正白旗和镶白旗已成为无头鹅，阿济格已成为囚犯。济尔哈朗等人认为时机已经成熟，于8年2月在顺治上疏，指责多尔根“叛逆”。臣等以前都怕威吞声，不敢说话。在这种情况下，没有人起诉。今谨冒着死奏闻，伏愿皇帝迅速加乾断”(《清实录》)。
在济尔哈朗等人的奏折中，多尔根被起诉了以下主要罪名。当顺治皇帝即位时，诸王立下誓言，由多尔根和济尔哈朗联合摄政。但多尔根“背誓肆行，妄自尊大”，剥夺了济尔哈朗的摄政权力，反立同母兄弟为“辅政叔王”。二、多尔根使用的仪仗、音乐、侍从，与皇帝没有什么不同，所盖的皇府形同皇宫，私用皇帝御用八补黄袍、大东珠数珠、黑貂夹克等。三、散布皇太极称帝是违背太祖本意而夺位的谣言。四、逼死肃亲王豪格，迎接豪格之妃。在顺治皇帝亲政后，他采取的措施直接关系到他对多尔根的敌视态度。他本来就讨厌多尔根的独断专行，看到奏折中提到逼死豪格的事就更恼火了。豪格是皇帝的大哥，也是开国元勋。他因反对多尔根而被罗织指控死亡，这在顺治皇帝看来是不可原谅的。因此，他不顾一个月前亲自为多尔根追封“义皇帝”的尊称，下令将多尔根命名为“削爵、撤庙享、罢死、废皇室、财产人宫”(《清史稿·多尔根传》)。
在瞬间的问题上，清朝发生了令人震惊的巨大变化。赫赫功臣多尔根，专权多年，死后不到两个月就成了千古罪人。毫无疑问，这是清人关后的第一次宫廷政变。多尔衮被贬，势必会让济尔哈朗等保守势力抬头。这似乎是多尔根实施高度封建化政策的失败，但事实并非如此。这些符合历史发展趋势的政策产生的巨大惯性，使历史的车轮继续向前滚动。
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